超滤设备的出水水质比较高，设备在运行前需要做一些准备，比如对水质的检查：浊度、SDI值、PH值、细菌、微生物、余氯等，要达到设计要求进水指标后才可以输入超滤系统，否则会破坏超滤设备。在运行之前还要对相关管路以及设备清洗，一方面是清洗掉碎屑、有害物质，另一方面是对系统做整体灭菌处理，以免细菌滋长影响水质。可以采用分段清洗的方式，按照工艺流程从前向后一次进行。再有就是对设备阀门检查，保证可以正常开启、关闭。

早期的工业超滤应用于废水和污水处理。随着超滤技术的发展，如今超滤膜技术的应用领域已经很广，主要包括食品工业、饮料工业、乳品工业、生物发酵、生物医药、医药化工、生物制剂、中药制剂、临床医学、印染废水、食品工业废水处理、资源回收以及环境工程等等。